袁崇焕屡次上疏请饷，崇祯ງ对诸臣说：“袁崇焕在朕前，以五年复辽、及清慎为己้任，这缺饷事，须讲求长策。”又说：“关兵动辄鼓噪，吝边效尤，如何得了？”
周延儒乘机中伤，崇祯ງ在这时已๐开始对袁崇焕信心动摇。他提到袁崇焕以“清慎为己任”，似乎对他的“清”也有了怀疑。崇祯ງ心中ณ似乎这样想：“他自称是清官，为ฦ甚么却不断的向我要钱？”
袁崇焕派遣祖大寿和尤世禄带了四千精兵，绕到清军后路去包抄，又派水师去攻东路作为牵制。这时天热，海ร上不结冰，水师用得着了。
和满桂冲突时，袁崇焕相当支持他。赵率教感恩图报，又得袁崇焕时时勉以忠义，到锦州大战时，他突然之间似乎变了一个人。他和前锋总兵左辅、副总兵朱梅等率兵奋勇死战，和皇太极部下的精兵大战三场，胜了三场，小战二十五场，也是每战都胜。从五月十一打到เ六月初四，二十四天之中，无日不战，战况的激烈，不下于当年宁远大战。六月初四那天，皇太极增兵猛攻。锦州城中放西洋大炮，又放火炮、火弹和矢石，清兵受创极重。攻到天明时，皇太极见支持不住了，只得退兵，退到小凌河扎营，等候各路兵马集中整编。
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之ใ臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海ร关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之ใ后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方แ剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。幸亏袁崇焕不坚持错误，否则ท二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主ว持城防。
袁崇焕任兵部主事不久，王化贞大军在广宁覆没，满朝惊惶失措。
于是北京宣布戒严，进入紧急状态。
边界ศ上的警报不断传来，群臣日日请求皇帝临ภ朝，会商战守方略。皇帝总是派太监出来传谕：“皇上有病。”吏部尚书赵焕实在忍不住了，上奏章说：“将来敌人铁ກ骑来到北京城外，陛下也能在深宫中推说有病，就此令敌人退兵吗？”4神宗看了这道讽刺辛辣、实已近乎谩骂的奏章，只是心中怀恨，却说甚么也不肯召开一次国防会议。
神宗，神宗，真是“神”得很，神经得很！
在明末那段不幸的日子中ณ，任何人都是不幸的。每一个君主ว在临死之时，都深深感到了失败的屈辱：崇祯、清太祖努尔哈赤、清太宗皇太极如果他不是被人谋杀的，那么是惟一的例外、蒙古人的领林丹汗、朝鲜ຒ国王李佑；始终是死路一条的将军和大臣奋勇抗敌的将军与降敌做汉奸的将军，忠鲠正直的大臣与奸佞无耻的大臣，命运都没甚么เ分别ี，但在一个比较温和的时代，奸臣却常常能得善终，例如秦桧；愤怒不平的知识份子，领不到粮饷的兵卒，生命朝不保夕的“流寇”，饥饿流离的百姓，以及有巨大才能与勇气的英雄人物：杨涟、熊廷弼、孙承宗、李自成、袁崇焕。
他开始挥后勤才能，在皮岛大做生意，征收商船通行税，那ว便是海上买路钱，派人去辽东和朝鲜ຒ挖人参。一方面向朝廷要粮要饷，又向朝鲜要粮食，理由是帮朝鲜抵抗清兵，要收保护费。朝鲜也只得时时运粮给他。他升官财之后，对打仗更加没有兴趣了。当时皮岛驻军有二万八千，战马三千余匹，皮岛之东的身弥岛驻兵千余，作为皮岛的外围，宁锦大战之时，毛文龙手拥重兵在旁，竟不一兵一卒去支援，也不攻击清兵后方作牵制。袁崇焕当然极不满意，但因管他不着，无可奈何。天启年间，毛文龙不断以大量贿赂送给魏忠贤和其他太监、大臣，对朝中ณ当权派的公共关系做得极好。天启五年，御史麦之令弹劾毛文龙，认为他无用，辽东军务不能依靠他。魏忠贤极力袒毛，说麦之令是熊廷弼的同党，将他杀了。这样一来，所有反对魏忠贤的东林党清流派都恨上了毛文龙。
崇祯接位后，毛文龙作风不改。朝廷觉得皮岛耗费粮饷太多，要派人去核数查帐。毛文龙多方推托，总之是不欢迎御用会计师驾临。
袁崇焕的新任命，理论上是有权管到皮岛东江镇的。朝中于是有人建议皮岛的粮饷经由宁远转运，意思是交由á袁崇焕控制。甚至有人主张撤退皮岛守军，全部调去宁远。这些主张，都遭到เ毛文龙的抗拒，而兵部又对毛相当支持。
袁崇焕写信给辅钱龙锡商量，要杀毛文龙。钱回信劝他一切慎重。袁在北京时，也曾和钱龙锡商议过杀毛的事，当时袁对钱龙锡说，要恢复辽东，必须ี从整肃东江镇的军纪开始。
袁崇焕决心要解决这件事。崇祯二年五月二十二日，袁崇焕离宁远，去和毛文龙会谈，约定了在旅๓顺附近的一个小岛上相会，这小岛叫做岛山5。从宁远经渤海ร到旅顺ิ，和从皮岛经黄海到เ旅顺，海程大致相等，所以旅顺是一个中间地点，也可说是中ณ立地带。那时毛文龙对袁崇焕已心存疑忌，如邀他到宁远相会，他是不肯来的。袁崇焕如去皮岛，却又是身入险地。
袁崇焕除座船外，带船三十八