在这时候，皇太极定下了正确的战略๓：侵略朝鲜。
满桂和他本来是非常要好的朋友。当清兵大举来攻宁远时，赵率教在前屯卫镇守，派了一名都司、四名守备带兵来援。当时大敌压境，赵率教自己不来和上司及好朋友共赴患难，所派的援兵又到得很迟，满桂大大不高兴，不许援兵进城，后来因袁崇焕的命令才放他们进来。等到เ宁远解围，赵率教想分功。满桂不许，又骂他为甚么自己不来救援，太没有义แ气。两人为此大吵。大概满桂的态度十分粗鲁，蒙古三字经骂之不已，说不定还想出拳打人，袁崇焕便袒护赵率教。冲突转移到เ了袁、满二人之ใ间，或许满桂对上司不够尊敬，于是袁崇焕要求将满桂调走2๐。
他和大将满桂、副将左辅、朱梅，参将祖大寿、何可纲等，集将士誓死守城。袁崇焕刺出自己鲜血，写成文告，让将士传阅，更向士卒下拜，激以忠义。全军上下在他的激励下人人热血沸腾，决心死战。
明朝官制，兵部国防部ຖ尚书部长一人，左右侍郎副部ຖ长各一人，下面分设四个司：武选武官人事、职方军政、军令、车驾警备、通讯、马匹、武库后勤、训练。职方司等于现代的总参谋部ຖ，职方司有郎中一人、员外郎一人、主事二人。主事大概相当于总参谋部中的文职中校副处长。
熊廷弼在辽东练兵守城，招抚难民，整肃军纪，修治器械，把局面稳定下来。他所接手的那ว个烂摊子，给他整顿得有些像样了。满清见对方有了准备，就不敢贸然来攻。但朝里敌对一派的大臣却来跟他过不去，不断上奏章攻击，说他胆小，不敢出战；说他无能，不能尽复失地。于是朝廷革了熊廷弼的职，听候查办，改用袁应泰做统帅。
神宗见边关上追饷越迫越急，知道挨不下去了，可是始终不肯掏自己腰包，结果想出了一个对策：再加田赋百分之ใ二。连同以前两次，已๐共加百分之ใ九，然而向百姓多征的田赋，未必就拿来军饷，皇帝的基本兴趣是将银子藏之于内库。
神宗接位时只有十岁，一切听母亲的话。两宫太后很信任张居正，政治上权力极大的司礼ึ太监冯保又给张居正笼络得很好，这些有利ำ的条件加在一起，张居正便能放手办事。明朝自明太祖晚年起就不再有宰相，张居正是大学士，名义是辅，等于是宰相。
他的性格像是一柄锋锐绝伦、精刚无俦的宝剑。当清和升平的时日，悬在壁上，不免会中夜自啸，跃出剑匣。在天昏地暗的乱世，则ท屠龙杀虎之后，终于寸寸断ษ折。
赵率教转怯为勇，自见敌潜逃到เ拚死守城，自畏缩不前到เ激战二十四日，到后来更在保卫北京之役中ณ血战阵亡，终于在历史上与满桂齐名，成为当时的两大良将。他这个ฐ重大转变，非常突出的证明了袁崇焕的领导才能。
皇太极整理好了部队，转而去攻宁远。
清军上次在宁远吃过败仗，兵将心中对袁崇焕都是很忌惮的。大贝勒代善见城中有备，就勒兵不攻。皇太极对诸将说：“先汗攻宁远不克，这次我攻锦州ะ又不克，若再攻不下宁远，我可要声名扫地了。”于是下令总攻，击破城下明军骑兵，直薄城壁。
比之第一次宁远之战，袁崇焕部ຖ的战斗力已有增强，敢于到城外决战了。上次要清军退后，才派五十名敢死队缒到城下拾箭枝，可见不敢开城门。
满桂率领明军在城南二里列阵，城墙下环列ต枪炮。皇太极佯败，想引明军来攻，然后伏兵齐起。但明军没有上当，守垒不追。皇太极于是回军再战。
袁崇焕亲上城头督战，大声呼叫。满桂战于城外。祖大寿、尤世禄回师攻击清兵后路。双方死伤均重，满桂身中数箭。明军野战终于打不过清军，于是退入城中据守。这场大战打得十分惨烈，城壕中填满了两方แ军士的死尸。
守军又以葡萄牙大炮轰击，击碎清方大营帐一座及皇太极的白龙旗，杀伤清兵不少。明方的报告说，皇太极长子召力兔贝勒胸口中箭，另一子浪荡宁古贝勒在阵上被明军射杀，又杀固山领七千五百人四人、牛录领三百人三十余名。这报告失之夸大，事实上并无皇太极的儿子在此役中ณ阵亡。但清方纪录中也说：济尔哈朗贝勒、萨哈廉贝勒、大将瓦克达、阿格等均受伤。
皇太极见部队损失重大，只得退兵，再攻锦州ะ南面，亦不能拔，将士又遭到不少伤亡，将领觉多拜山、巴希等阵亡。七月，清兵败回沈阳。
这一役明朝称为“宁锦大捷”，是明军对清军第二次血战胜利。
袁崇焕在报功的奏章中，力称功劳最大的是满桂1。他和满桂向来颇有意见冲突，但在奏章中ณ力称宁远大捷以满桂之功居多，可见光明磊落，大公无私。
第一次宁远大捷是天启六年正月，第二次宁锦大捷是七年五月，相隔一年零四个ฐ月。在这短短的十六个月之间，袁崇焕加强了明军的战斗ç力，抢筑了锦州的防御工ื事，固守在清军的后路，使皇太极有后顾之ใ忧，不敢久ื攻宁远。同时清军先攻锦州不克，再攻宁远，气势已挫。可见袁崇焕这十六个月中的准备工作收到了很大成效。如果能多一些和平时期，局面当然更有改进。
这一仗大捷，军事上的主要因素之一，还是靠了葡萄牙的红衣大炮。明朝这时本来已驱逐了葡萄牙人的天主教传教士。传教士波尔、米克耳两人见到明清交兵，有机可乘๖，便动澳门的葡人，向明朝军费和炮手。明朝于是召还已驱逐了的教士。本来秘密传教变成了公开，大批葡萄牙教士和炮手进入中国2。后来中国在外国教士和技师指导之ใ下自行铸炮。所铸成的大炮也封了官，称为“安国全军平辽靖虏将军”，还派官祭炮，请将军威破敌。金人要直到数年之后，才因投降的明人之助而开始铸造大炮。
袁崇焕在政治上属于魏忠贤的敌对派系。他中进士的主考官韩p、保荐他的御史侯恂等都是东林党的巨头。袁崇焕当然不肯克扣军饷去孝敬魏忠贤。但为了大目标是守御锦州ะ、宁远，他也相当的委曲求全。各省督抚都为ฦ魏忠贤建生祠，袁崇焕如果不附和，立刻就会罢官，守御国土的大志无法得伸，因此当时也只得在蓟辽为魏忠贤建生祠。
但魏忠贤仍是不满意。所以虽有宁锦大捷，袁崇焕却得不到甚么เ重赏，只升官一级。奉承魏忠贤的官员却有数百人因此大捷而升官，理由是在朝中策划有功，连魏忠贤一个尚在襁褓中ณ的婴儿从孙，也因此而封了伯爵。魏忠贤是太监，没有儿子，只好大封他侄儿，封他侄儿的儿子。
魏忠贤这时更叫一名言官弹颏๕袁崇焕，说他没有去救锦州ะ为“暮气”。袁崇焕在这样的压力之下，只得自称有病，请求辞职。魏忠贤立刻๑批准，派兵部尚书王之臣去接替。
皇太极听到这个消เ息，当然是大喜若狂，而听到加给袁崇焕的罪名与评语竟是“暮气”两字，恐怕大喜之余，却也不免愕然良久吧？袁崇焕这样的人竟算“暮气沉沉”，却不知谁才是“朝气蓬勃”？
袁崇焕离开宁远时，心中感慨万千，可想而知。那时他还只四十岁左右，方当壮盛的英年，正是要大展抱负的时候。
立了大功反而被迫退休，他的部ຖ属将士既感诧异，更是忿忿不平。他写了一诗给一个部将，诗中说：我们慷慨同仇，间关百战，功劳不小，皇上的恩遇也重。但我的苦心，却只有后人知道了。建功立业固然很好，回家休养也是不错。对于我的去留，大家不必感到不平罢。这诗显得很有气度3。不过他对于天启皇帝，还是十分感激的。他本来是一个七品知县，自天启二年到七年夏天，短短的五年半之间，几乎ๆ年年升官，中ณ间还跳级，直升到“巡ำ抚辽东、兵部ຖ右侍郎、兼都察院右佥都御史”，实在算是飞黄腾达。他自觉升官太快，曾上疏辞谢。他说在诸同年中，官职最高之人和他也差ๆ着好几级，为了要做部属武将的榜样，请皇帝ຓ收回升赏的成命。皇帝ຓ批复说：你接连三次谦辞，品德很好，但你功劳大，升官是应该的4๒。
他在回广东故乡途中，经过大庾岭时写了一诗，感念天启对他的知遇之恩5๓。他心中明白，天启是个昏君，可是对待自己实在很好。
他到了广州，去光孝寺游览，踏足佛地，不禁想到生平杀人甚多，和环境大不调和6，然而那也只是感到不调和而已๐。英雄豪杰，一往无悔，却也无须ี对菩萨低头，不必对杀了该杀之人有甚么遗憾。
1้袁崇焕的奏章中说：“十年来，尽天下之兵，未尝敢与奴合马交锋，即臣去年，亦自城上而下攻。自今始一刀一枪，下而拚命，不顾夷之凶狠剽悍。臣复凭堞大呼，分路进追。诸军忿恨，誓一战以挫此贼。此皆将军满桂之功居多。”
2马耳丁的《鞑靼战记》中大吹葡萄牙传教的功劳，又说：“上帝对于信仰基督教的皇帝必予福佑，所以中国皇帝对鞑靼人指满清作战大胜。”其实天启皇帝ຓ信仰的是鲁班先师，并没有信仰基督教的上帝。
据冯承钧译、沙不列ต撰：《明末奉使罗马教廷耶稣会士卜弥格传》：崇祯ງ三年，澳门葡人队长率士卒四百、大炮十尊入境效力。广州巨เ商恐失垄断中ณ西贸易之利，厚赂朝臣，加以阻挠。后葡军队长公沙的西劳阵亡于登莱。《碧血剑》小说略取其意。
3袁崇焕《南还别陈翼所总戎》：“慷慨同仇日，间关百战时，功高明主眷，心苦后人知。麋鹿还山便，麒麟绘阁宜。去留แ都莫讶，秋草正离离。”其中“功高明主眷”这一句，不免含有苦涩的意味。天启决不是明主，天下皆知，自己功高如此，结果却得了这样的“眷”，这位“明主”，真是“明”得很了。
4袁崇焕《天启六年六月初十日谢升荫疏》中说：“且武人奔竞，少竖立便欲厚迁，稍不合辄思激去，要挟朝廷，开衅同类，今边疆始终不得一人之用，臣最疾之。臣今日不自处于恬，何以消诸将之竞？况臣原无富贵之ใ心，又皇上所鉴也。”对这个辞赏的奏章，朝廷的批答是：“奉圣旨ຈ：袁崇焕存城功高，加恩示酬，原不为ฦ过；乃ี三疏控辞，愈征克让。还着遵旨祇็承。该部ຖ知道。”
5袁崇焕《归庾岭》：“功名劳十载，心迹渐依违。忍说还山是？难言出塞非。主恩天地重，臣遇古今稀。数卷封章外，浑然旧日归。”
6袁崇焕《遇诃林寺口占》：“四十年来过半身，望中祇树隔红尘。如今着足空王地，多了从前学杀人。