他和大将满桂、副将左ุ辅、朱梅，参将祖大寿、何可纲等，集将士誓死守城。袁崇焕刺出自己鲜血，写成文告，让将士传阅，更向士卒下拜，激以忠义。全军上下在他的激励下人人热血沸腾，决心死战。
他母亲和妻子这时也在辽西，大概住在山海关或前屯卫后方แ。他将母亲和妻子都搬到宁远城中ณ来住。全家和宁远共存亡的决心，表现得再清楚也没有了1。
熊廷弼在辽东练兵守城，招抚难民，整肃军纪，修治器械，把局面稳定下来。他所接手的那个烂摊子，给他整顿ู得有些像样了。满清见对方有了准备，就不敢贸然来攻。但朝里敌对一派的大臣却来跟他过不去，不断上奏章攻击，说他胆小，不敢出战；说他无能ม，不能尽复失地。于是朝廷革了熊廷弼的职，听候查办，改用袁应泰做统帅。
军事局势糟糕之极，朝廷束手无策，只好再去请熊廷弼出来，惩罚了一批上次攻击他的官员，算是给他平气。可是兵部尚书张鹤鸣和熊廷弼意见不合，只喜欢马屁大王巡抚王化贞，嘱咐王化贞不必服从熊廷弼指挥。
神宗接位时只有十岁，一切听母亲的话。两宫太后很信任张居正，政治上权力极大的司礼太监冯保又给张居正笼络得很好，这些有利的条件加在一起，张居正便能放手办事。明朝自明太祖晚年起就不再有宰相，张居正是大学士，名义是辅，等于是宰相。
中国的经济也在迅展，手工业和技术非常先进。在十五世纪时，中ณ国是世界ศ上最重要的产棉区之一。由于在正德年间开始采用了越南的优良稻种，农田加辟，米产大增，尤其是广东一带。因为推广种植水稻，水田中大量养鱼，疟蚊大减4，岭南向来称为瘴疠的疟疾已不像过去那样可怕，所以两广的经济文化也开始迅展。
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。
这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气作，冲动起来，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护满桂，袁崇焕又去和王之ใ臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，于是将指挥权划分为ฦ二：关内的部队由辽东经略๓王之臣指挥，关外部队则由辽东巡ำ抚袁崇焕指挥。经略๓的官比巡ำ抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部ຖ队司令。武将受文官指挥。幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主持城防。
在这时候，袁崇焕上了一道奏章，提出守辽的基本战略，这道奏章有很大的重要性。其中主张：一、用辽人守辽土；二、屯田，以辽土养军队；三、以守为主，等待机会再出击。他最担心的事，是立了功劳之后，敌人必定要使反间计，散播谣言，而本国必定有人妒忌毁谤3。
他深知明军的战斗力不如清军，野战不利，只有用己้之长，所以提出了战术的基本原则ท：“兵不利野战，只有凭坚城、用大炮一策。”
所统带的部队无力打野战，作为主帅，自然深感棘手。但训练一支善打野战的劲旅，非一朝一夕之功，那ว是无可奈何的；而对于势所必至的朝臣忌功中伤，更是无可奈何，只有盼望皇帝和大臣们能加以照顾了。
袁崇焕也不是一味的蛮干，有时也有他机灵的一面。他对魏忠贤派去监视他的两名特务太监敷衍得很好。当年冬天，他带同赵率教以及两ä名特务太监刘ถ应坤、纪用，兴办防御工事及屯田à，渐渐又再收复了高第所放弃的土地。
他在奏章中将这两名太监的功劳吹嘘了一番，所以魏忠贤和刘应坤、纪用三人都得到了封赏。刘ถ、纪二人似乎也不是坏太监，并没有对袁崇焕掣肘阻挠，后来宁锦大战，刘应坤在宁远上城督战，纪用在锦州上城督战，都勇敢得很。大概二人为袁崇焕的忠勇所感召，也变得忠勇起来。可见也不是所有的太监都是坏人，主ว要还在领导者如何领导。
1《明史·满桂传》：“桂椎鲁甚，然忠勇绝伦，不好声色，与士卒同甘苦。”《明史·赵率教传》：“率教为将廉勇，待士有恩，勤身奉公，劳而不懈，与满桂并称良将。二人既殁，益无能办东事者。”
2袁崇焕奏章中说满桂“意气骄矜，谩骂僚属，恐坏封疆大计，乞移之别镇，以关外事权归率教。”
3《明史·袁崇焕传》引述他的奏章：“陛下以关内外分责二臣。用辽人守辽土，且守且战，且筑且屯。屯种所入，可渐减海运。大要坚壁清野以为ฦ体，乘间击瑕以为ฦ用。战虽不足，守则有余。守既有余，战无不足。顾勇猛图敌，敌必仇，奋迅立功，众必忌。任劳则必召怨，蒙罪始可有功。怨不深则劳不著，罪不大则功不成。谤书盈箧，毁言日至，自古已然，惟圣明与廷臣始终之。”