在这时候，袁崇焕与大将满桂之间，生了激烈冲突，冲突的原因在于另一个大将赵率教。
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已๐颁下了，于是听了王之臣的主ว张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留แ左都督原官，派在国防机构办事。
他中ณ进士后，被分派到福建邵ๅ武去做知县。
袁崇焕任兵部主事不久ื，王化贞大军在广宁覆没，满朝惊惶失措。
杨镐全军覆没，朝廷派熊廷弼去守辽东。
边界上的警报不断ษ传来，群臣日日请求皇帝临朝，会商战守方แ略。皇帝总是派太监出来传谕：“皇上有病。”吏部尚书赵焕实在忍不住了，上奏章说：“将来敌人铁骑来到北京城外，陛下也能在深宫中推说有病，就此令敌人退兵吗？”4๒神宗看了这道讽刺辛辣、实已近乎谩骂的奏章，只是心中怀恨，却说甚么也不肯召开一次国防会议。
《碧血剑》中的袁承志，在性格上只是一个平凡人物。他没有抗拒艰难时世的勇气，受了挫折后逃避海外，就像我们大多数在海外的人一样。
在明末那段不幸的日子中，任何人都是不幸的。每一个君主在临ภ死之时，都深深感到เ了失败的屈辱：崇祯、清太祖努尔哈赤、清太宗皇太极如果他不是被人谋杀的，那么是惟一的例外、蒙古人的领林丹汗、朝鲜国王李佑；始终是死路一条的将军和大臣奋勇抗敌的将军与降敌做汉奸的将军，忠鲠正直的大臣与奸佞无耻的大臣，命运都没甚么分别，但在一个比较温和的时代，奸臣却常常能得善终，例如秦桧；愤怒不平的知识份子，领不到粮饷的兵卒，生命朝不保夕的“流寇”，饥饿流离的百姓，以及有巨大才能与勇气的英雄人物：杨涟、熊廷弼、孙承宗、李自成、袁崇焕。
赵率教转怯为勇，自见敌潜逃到拚死守城，自畏缩不前到激战二十四日，到后来更在保卫北京之役中ณ血战阵亡，终于在历史上与满桂齐名，成为当时的两大良将。他这个重大转变，非常突出的证明了袁崇焕的领ๆ导才能。
皇太极整理好了部队，转而去攻宁远。
清军上次在宁远吃过败仗，兵将心中对袁崇焕都是很忌惮的。大贝勒代善见城中有备，就勒兵不攻。皇太极对诸将说：“先汗攻宁远不克，这次我攻锦州又不克，若再攻不下宁远，我可要声名扫地了。”于是下令总攻，击破城下明军骑兵，直薄城壁。
比之第一次宁远之战，袁崇焕部的战斗力已๐有增强，敢于到城外决战了。上次要清军退后，才派五十名敢死队缒到เ城下拾箭枝，可见不敢开城门。
满桂率领明军在城南二里列阵，城墙下环列ต枪炮。皇太极佯败，想引明军来攻，然后伏兵齐起。但明军没有上当，守垒不追。皇太极于是回军再战。
袁崇焕亲上城头督战，大声呼叫。满桂战于城外。祖大寿、尤世禄回师攻击清兵后路。双方死伤均重，满桂身中数箭。明军野战终于打不过清军，于是退入城中ณ据守。这场大战打得十分惨烈，城壕中ณ填满了两方军士的死尸。
守军又以葡萄牙大炮轰击，击碎清方大营帐一座及皇太极的白龙旗，杀伤清兵不少。明方的报告说，皇太极长子召力兔贝勒胸口中箭，另一子浪荡宁古贝勒在阵上被明军射杀，又杀固山领七千五百人四人、牛录领三百人三十余名。这报告失之ใ夸大，事实上并无皇太极的儿子在此役中阵亡。但清方纪录中也说：济尔哈朗贝勒、萨哈廉贝勒、大将瓦克达、阿格等均受伤。
皇太极见部队损失重大，只得退兵，再攻锦州南面，亦不能拔，将士又遭到不少伤亡，将领觉多拜山、巴๒希等阵亡。七月，清兵败回沈阳。
这一役明朝称为“宁锦大捷”，是明军对清军第二次血战胜利ำ。
袁崇焕在报功的奏章中，力称功劳最大的是满桂1。他和满桂向来颇有意见冲突，但在奏章中力称宁远大捷以满桂之功居多，可见光明磊落，大公无私。
第一次宁远大捷是天启六年正月，第二次宁锦大捷是七年五月，相隔一年零四个月。在这短短的十六个月之间，袁崇焕加强了明军的战斗ç力，抢筑了锦州的防御工事，固守在清军的后路，使皇太极有后顾之忧，不敢久攻宁远。同时清军先攻锦州ะ不克，再攻宁远，气势已挫。可见袁崇焕这十六个月中的准备工作收到了很大成效。如果能多一些和平时期，局面当然更有改进。
这一仗大捷，军事上的主ว要因素า之一，还是靠了葡萄牙的红衣大炮。明朝这时本来已驱逐了葡萄牙人的天主教传教士。传教士波尔、米克耳两ä人见到เ明清交兵，有机可乘๖，便动澳门的葡人，向明朝军费和炮手。明朝于是召还已驱逐了的教士。本来秘密传教变成了公开，大批葡萄牙教士和炮手进入中国2。后来中国在外国教士和技师指导之下自行铸炮。所铸成的大炮也封了官，称为“安国全军平辽靖虏将军”，还派官祭炮，请将军威破敌。金人要直到数年之ใ后，才因投降的明人之助而开始铸造大炮。
袁崇焕在政治上属于魏忠贤的敌对派系。他中进士的主考官韩p、保荐他的御史侯恂等都是东林党的巨头。袁崇焕当然不肯克扣军饷去孝敬魏忠贤。但为了大目标是守御锦州、宁远，他也相当的委曲求全。各省督抚都为ฦ魏忠贤建生祠，袁崇焕如果不附和，立刻就会罢官，守御国土的大志无法得伸，因此当时也只得在蓟辽为魏忠贤建生祠。
但魏忠贤仍是不满意。所以虽有宁锦大捷，袁崇焕却得不到甚么เ重赏，只升官一级。奉承魏忠贤的官员却有数百人因此大捷而升官，理由是在朝中ณ策划有功，连魏忠贤一个尚在襁褓中ณ的婴儿从孙，也因此而封了伯爵。魏忠贤是太监，没有儿子，只好大封他侄儿，封他侄儿的儿子。
魏忠贤这时更叫一名言官弹颏袁崇焕，说他没有去救锦州为“暮气”。袁崇焕在这样的压力之下，只得自称有病，请求辞职。魏忠贤立刻批准，派兵部尚书王之臣去接替。
皇太极听到这个消息，当然是大喜若狂，而听到加给袁崇焕的罪名与评语竟是“暮气”两ä字，恐怕大喜之余，却也不免愕然良久吧？袁崇焕这样的人竟算“暮气沉沉”，却不知谁才是“朝气蓬勃”？
袁崇焕离开宁远时，心中感慨万千，可想而知。那时他还只四十岁左右，方当壮盛的英年，正是要大展抱负的时候。
立了大功反而被迫退休，他的部属将士既感诧异，更是忿忿不平。他写了一诗给一个部将，诗中说：我们慷慨同仇，间关百战，功劳不小，皇上的恩遇也重。但我的苦心，却只有后人知道了。建功立业固然很好，回家休养也是不错。对于我的去留，大家不必感到不平罢。这诗显得很有气度3๑。不过他对于天启皇帝，还是十分感激的。他本来是一个七品知县，自天启二年到เ七年夏天，短短的五年半之间，几乎年年升官，中间还跳级，直升到เ“巡抚辽东、兵部右侍郎、兼都察院右佥都御史”，实在算是飞黄腾达。他自觉升官太快，曾上疏辞谢。他说在诸同年中，官职最高之人和他也差着好几级，为了要做部属武将的榜样，请皇帝收回升赏的成命。皇帝批复说：你接连三次谦辞，品德很好，但你功劳大，升官是应该的4。
他在回广东故乡途中ณ，经过大庾岭时写了一诗，感念天启对他的知遇之ใ恩5。他心中明白，天启是个昏君，可是对待自己实在很好。
他到了广州，去光孝寺游览，踏足佛地，不禁想到เ生平杀人甚多，和环境大不调和6，然而那也只是感到不调和而已。英雄豪杰，一往无悔，却也无须ี对菩萨低头，不必对杀了该杀之人有甚么遗憾。
1袁崇焕的奏章中说：“十年来，尽天下之兵，未尝敢与奴合马交锋，即臣去年，亦自城上而下攻。自今始一刀一枪，下而拚命，不顾夷之凶狠剽悍。臣复凭堞大呼，分路进追。诸军忿恨，誓一战以挫此贼。此皆将军满桂之ใ功居多。”
2马耳丁的《鞑靼战记》中大吹葡萄牙传教的功劳，又说：“上帝对于信仰基督教的皇帝必予福佑，所以中国皇帝对鞑靼人指满清作战大胜。”其实天启皇帝ຓ信仰的是鲁班先师，并没有信仰基督教的上帝。
据冯承钧译、沙不列撰：《明末奉使罗马教廷耶稣会士卜弥格传》：崇祯三年，澳门葡人队长率士卒四百、大炮十尊入境效力。广州巨商恐失垄断中西贸易之ใ利，厚赂朝臣，加以阻挠。后葡军队长公沙的西劳阵亡于登莱。《碧血剑》小说略取其意。
3袁崇焕《南还别陈翼所总戎》：“慷慨同仇日，间关百战时，功高明主ว眷，心苦后人知。麋鹿还山便，麒麟绘阁宜。去留แ都莫讶，秋草正离离。”其中“功高明主ว眷”这一句，不免含有苦涩的意味。天启决不是明主，天下皆知，自己功高如此，结果却得了这样的“眷”，这位“明主ว”，真是“明”得很了。
4袁崇焕《天启六年六月初十日谢升荫疏》中说：“且武人奔竞，少竖立便欲厚迁，稍不合辄思激去，要挟朝廷，开衅同类，今边疆始终不得一人之用，臣最疾之ใ。臣今日不自处于恬，何以消เ诸将之竞？况臣原无富贵之ใ心，又皇上所鉴也。”对这个辞赏的奏章，朝廷的批答是：“奉圣旨：袁崇焕存城功高，加恩示酬，原不为过；乃三疏控辞，愈征克让。还着遵旨ຈ祇承。该部知道。”
5๓袁崇焕《归庾岭》：“功名劳十载，心迹渐依违。忍说还山是？难言出塞非。主恩天地重，臣遇古今稀。数卷封章外，浑然旧日归。”
6袁崇焕《遇诃林寺口占》：“四十年来过半身，望中祇树隔红尘。如今着足空王地，多了从前学杀人。